过氧乙酸为强氧化剂，有很强的氧化性，遇有机物放出新生态氧而起氧化作用，与次氯酸钠（又名84消毒液）、漂白粉等被作为医疗或生活消毒药物使用，为高效、速效、低毒、广谱杀菌剂，对细菌繁殖体、芽孢、病毒、霉菌均有杀灭作用。因此可用它来进行杀菌、消毒。此外，由于过氧乙酸在空气中具有较强的挥发性，对空气进行杀菌、消毒具有良好的效果，而且价格便宜，目前我们在预防非典时的杀菌、消毒剂主要就是过氧乙酸。在医学方面的主要作用和用法如下：
（1）浸泡消毒：以0.3%—0.5%溶液浸泡消毒；医务职员用以洗手时，用0.2%的溶液浸泡1分钟即可。
（2）喷雾消毒：以0.1%—0.4%溶液对房屋、家具、门窗等进行喷洒。
（3）熏蒸消毒：以20%成品熏蒸（1—3g/m3），用于实验动物室及无菌室消毒。
（4）饮水消毒及污水处理：使饮水或污水含本品0.01%消毒0.5—1小时，可获较好效果。
系广谱、速效、高效灭菌剂，本品是强氧化剂，可以杀灭一切微生物，对病毒、细菌、真菌及芽孢均能迅速杀灭，可广泛应用于各种器具及环境消毒。0.2%溶液接触10分钟基本可达到灭菌目的。用于空气、环境消毒、预防消毒。
用作纸张、石蜡、木材、淀粉的漂白剂。医药工业用作饮水、食品和防止传染病的消毒剂。有机工业用作制造环氧丙烷、甘油、己内酰胺的氧化剂和环氧化剂。
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